Y supongo que le das a reiniciar teniendo seleccionado EL PAQUETE COMPLETO en lugar de una o varias de las partes individuales ¿no?
JDownloader, al darle a reiniciar te BORRA TODO lo que tenga ya descargado (esté o no completo) de lo que tengas seleccionado... si solo seleccionas una de las partes de un paquete, solo borra ésa parte, si tienes el paquete completo seleccionado, te borrará todo lo descargado de dicho paquete hasta el momento. Al darle a reiniciar siempre tienes que asegurarte de tener marcada únicamente la parte que te interesa.
