Bueno, aunque en ocasiones es un problema de la codificación, ya que las teles raras veces soportan la codificación Unicode, te sorprendería saber la cantidad de teles que no soportan los subtítulso srt dentro del contenedor, mientras que sí que los soportan sueltos, junto al archivo mkv.
Depende de cada modelo concreto de televisor, pero sí, sucede más a menudo de lo que pueda parecer.
Lo de cambiar la extensión a sub sí que no lo había oído nunca, pero como reza el dicho,
nunca te acostarás sin saber una cosa más. 
